Kommersiella multiplex PCR-paneler för CNS-infektioner
Diagnostiken av CNS-infektioner har gått framåt under det senaste decenniet. Klassiska metoder som cellräkning av likvor och bakterieodling finns fortfarande kvar som viktiga metoder för att konstatera om det rör sig om infektion som orsak till patientens symtom. På senare tid har multiplex PCR blivit rutinmetod vid diagnostiken av CNS-infektioner. Metoden innebär samtidig analys av ett antal mikroorganismer med svar om DNA/RNA från dessa kan påvisas i provet. Då den kan utföras av laboratoriepersonal utan omfattande utbildning, skulle den kunna vara användbar i många låg- och medelinkomstländer. Olof Säll, forskare vid Örebro universitet, ger här en bakgrund samt berättar om deras studie på misstänkta CNS-infektioner genomförd i Nepal.
Vid akuta CNS-infektioner kan den orsakande patogenen oftast påvisas i likvor, dock med vissa undantag. Som exempel kan TBE nämnas där viruset sällan kan påvisas vid encefalitsymtom, då inflammationen i hjärnan oftast är en post-infektiös inflammation. Ett annat undantag är borrelia där mängden bakterier oftast är för liten.
En fråga som är värd att lyfta fram är vilken plats multiplex PCR-paneler för CNS-infektioner bör ha. Breda multiplexpaneler har välkomnats av kliniker för snabb analys av ett antal viktiga patogener. Därför ansågs dessa metoder initialt som en revolution i CNS infektionsdiagnostik. Metoden har potential att bidra till minskad användning av antibiotika, kortare sjukhusvistelse och minskad totalkostnad. Men oro har väckts om sensitiviteten för vissa patogener. Efter några års användning har en mer balanserad syn antagits. Användning bör begränsas till endast starkt misstänkta infektioner och att multiplexpanelen inte är ett fristående diagnostiskt test; även andra analyser krävs. Vilken rutin man har för diagnostik av CNS-infektioner behöver vara skräddarsytt för lokal epidemiologi, där man i Sverige behöver ta hänsyn till bland annat TBE och borrelia.
Den multiplexa PCR-panel som används mest i Sverige är FilmArray ME (meningit/encefalit) panel. Metoden analyserar förekomst av sex bakterier (Escherichia coli K1, Haemophilus influenzae, Listeria monocytogenes, Neisseria meningitidis, Streptococcus agalactiae och S. pneumoniae), sju virus (cytomegalovirus, enterovirus, herpes simplex virus typ 1 (HSV-1), HSV 2, humant herpesvirus typ 6, humant parechovirus och varicella zoster virus) och två arter av Cryptococccus-svampar (C. neoformans och C. gattii; dock inte specificerad för arter). Metoden är konstruerad som ett slutet system och innehåller frystorkade reagens som krävs för att isolera, amplifiera och detektera nukleinsyra från ovan nämnda patogener. Bara några minuters arbetstid krävs och analysen är färdig efter 70 minuter.
Hittills är detta den enda multiplex PCR-panelen för CNS-infektioner som är godkänd av amerikanska FDA. En prospektiv utvärdering av kliniska prover från flera sjukhus föregick FDA-godkännandet vilken visade positiva och negativa prediktiva värden på 95,2 procent respektive 99,9 procent, jämfört med konventionell odling för bakterier och singleplex PCR för virus och svampar. Dessa siffror begränsas dock av en låg total positivitetsgrad och av det faktum att de flesta patogener testade positivt färre än fem gånger, vilket minskade statistisk styrka. Varken Neisseria meningitidis eller Listeria monocytogenes detekterades i något prov. David Nestor med kollegor i Örebro utvärderade FilmArray ME panel med hänsyn till de ingående bakterierna och Cryptococcus jämfört med odling och en intern PCRpanel, med väsentligen samma resultat.
