Nya gensekvenseringsmetoder underlättar diagnostik av sällsynta sjukdomar
Nya gensekvenseringsmetoder har under de senaste få åren kommit till användning vid rutinmässig diagnostisk testning av medfödda sjukdomar i svensk sjukvård. Många av dessa sjukdomar har neurologisk symtomatologi. De flesta av dessa sjukdomar är var för sig sällsynta, men alla patienter med sällsynta medfödda genetiska sjukdomar sammantaget utgör en betydande andel av patienterna vid våra neurologimottagningar. Ofta har patienterna svåra och komplexa symtom och gått genom omfattande utredning. Med denna artikel vill docent Andreas Puschmann ur vuxenneurologiskt perspektiv ge en överblick över de nya gentestmetoderna, ge förslag på hur och för vilka patientgrupper dessa metoder på ett rationellt sätt kan tillämpas för klinisk diagnos, och belysa vikten av att sträva efter en exakt, genetiskt verifierad diagnos vid utredning av dessa patientgrupper.
Massively parallel sequencing eller Nya generationens sekvensering (NGS) betecknar ett förfarande som tillåter att alla en individs gener eller till och med hela arvsmassan undersöks i en och samma analys. Principen är att DNA från ett patientprov – oftast ett vanligt blodprov – skärs i många små bitar vars bassekvens (50–400 baser) läses av. En dator placerar sedan dessa bitar in i det kända mänskliga referensgenomet. Det registreras var den undersökte individens bassekvens avviker från referensgenomet, och således bär genetiska varianter [Figur 1]. Förfarandet kan användas på förut selekterade områden på arvsmassan: Genpaneler sekvenserar enbart gener med känd koppling för en viss klinisk presentation (exempelvis ataxi) och helexomsekvensering (eng. whole exome sequencing, WES) de proteinkodande områden (exon) i alla kända cirka 20.500 gener [Figur 2]. Eller så kan bassekvensen av nästan hela arvsmassan kartläggas (helgenomsekvensering, eng. whole genome sequencing, WGS). Detta initiala urval av analysmetoden avgör huruvida framtaget grunddata senare kan användas för eventuella utvidgade analyser. Vid genpanelundersökning tas från början enbart fram data i gener som hade känd koppling till sjukdomen eller syndromet ifråga när genpanelen sammanställdes. WES och WGS tar däremot fram data över alla gener; WGS inkluderar även data över introner (områden kring och mellan exonerna) eller andra icke-proteinkodande områden på DNA som exempelvis kodar för siRNA eller tRNA, där fler och fler sjukdomsassocierade varianter upptäcks. WGS erbjuder alltså de största möjligheterna för senare kompletterande analyser av redan framtaget grunddata, men innebär högre initial kostnad.
